球会成立后开始参加地区联赛，其后球队多次处于乙组至丙组联赛之间，直至1998年以联赛第四名得以参加附加赛，结果比利亚雷亚尔以总比数1比1凭作客入球击败孔波斯特拉历史上首次升上甲组联赛，可惜球队只停留一季就重返乙组联赛。2000年至2001年球季比利亚雷亚尔成为乙组联赛季军而再一次提升至甲组，并在甲组联赛取得第七名的佳绩。

　　在短短数年间，比利亚雷亚尔先后购入多名高素质的南美球员，成为西甲一支有实力的球队，2002年至2004年连续三年晋身欧洲足协托托杯决赛，并在2003年及2004年夺得冠军。2004赛季比利亚雷亚尔仅次于巴塞罗那及皇家马德里取得季军的佳绩，并首次获得参加欧洲冠军联赛的资格，翌年他们更于欧冠击败众多欧洲劲旅杀入四强阶段，可惜不敌英格兰的阿森纳。

　　2007-08赛季比利亚雷亚尔于西甲力压巴塞罗那取得亚军，再次取得欧冠参赛资格。在2008-09赛季的欧冠赛事中，比利亚雷亚尔与卫冕冠军曼联被同分在E组，最终比利亚雷亚尔以小组次名的成绩出线赛季，比利亚雷亚尔成绩突然下滑，始终位列联赛倒数，不幸的事终于发生，最后一轮球队主场负于马竞，出人意外以倒数第三降入西乙。虽然潜水艇在降入西乙后开局战绩不佳，立即博v1bet官方但凭借联赛中后段的连胜，最终以第二名重返西甲行列。

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